クリニックの確定申告における留意点:パート2

財産債務調書

財産目録調書の提出が必要な開業医の先生方も多いと思われます。

持分あり医療法人の出資者である場合は、財産債務調書に記載する出資持分の金額は「取得価額」になります(時価評価額を記載する必要はありません。)。

▼参照:国税庁FAQ問11
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hotei/zaisan_saimu/pdf/zaisan_faq_r6.pdf

医療法人成りの検討

個人診療所での所得税の納税額が大きくなると、医療法人成りを検討する開業医の方々も多いと思われます。

医療法人成りを検討する際の注意事項をいくつかご紹介させていただきます。

※理解していただきやすいように説明を簡略化してますので、その旨ご了承ください。

①医療法人成りすべき課税所得の目安は?

医療法人成りの目安として「課税所得3,000万円以上」といわれることが多いですが、これは個人診療所の税率と医療法人の税率を比較することによる目安となります。医療法人成り後の医療法人の利益を個人に移す時の課税や承継のメリットを考えるなら出来るだけ早めに医療法人成りした方が有利となります。

②医療法人か?一般社団法人か?

一般社団法人も事業報告書等の報告が求められる予定であることを考えると、だんだん規制が強化されています。

代表者を医師以外にしたい、医療以外の事業を行いたい、手続き等を簡素にしたいのであれば「一般社団法人」、毎年の所得や承継に対する課税を少なくしたいのであれば「医療法人」の選択になると思われます。

③措置法の適用

医療法人の決算期によっては医療法人成りのタイミングで個人でも法人でも「保険診療5,000万円以下、全収入7,000万円以下」となり、個人と法人で2回措置法を利用することができる場合があります。

ふるさと納税の返礼品

ふるさと納税の返礼品は一時所得となります。

目安としては寄附額の3割が50万円を超えたら申告しなければならないと考える必要があります。

申告されていない場合は税務調査では必ず指摘されると考えたほうがよいと思われます。

前年との比較を必ずしましょう

確定申告書を一通り作成し終えたら、必ず前年分の決算書や申告書との比較をしましょう。抜け漏れに気づくこともありますし、その他にも様々な気付きがを得ることがあります。

①前年に計上していた給与が今年の申告書に計上されていない

他の医療機関でも勤務したにもかかわらず申告書に計上されていない場合は、勤務先から源泉徴収票が届いていなかったり、集計し忘れていたりすることがあります。

②前年と比べて売上や経費に大幅な増減がある場合は、その要因を把握できているか?

例えば健診や予防接種は行っているものの入金が翌年になっている場合に売上の計上漏れとなっている場合などがあります。

③抜け漏れではないですが、下記のような気付きもあります。

書籍出版のご案内

円滑な承継・納税資金対策に効く!認定医療法人制度のフル活用Q&A
『円滑な承継・納税資金対策に効く!
認定医療法人制度のフル活用Q&A』

日本法令
令和8年2月25日発売
本体価格2,200円+税

Amazon
楽天ブックス

お問い合わせ

本稿についてのご質問や医療法人の事業承継についてのご相談がございましたら、下記の弊所ホームページのお問い合わせフォームからご連絡ください。

お問い合わせ

Xの投稿もぜひご覧ください

認定医療法人制度についてのYouTubeチャンネル

© 2026 藤澤文太税理士事務所