医療法人の承継の場面でMS法人との取引内容を精査した時に、「昔から同じように毎年処理しています。」と回答されることが多くあります。
税務上の効果が無いだけでなく、逆に増税になっているケースも多々あることは以前のコラムでご案内させていただいた通りです（参照：弊所ホームページ「MS法人の活用は果たして効果があるのか？」）。
ただ、実際に取引実態（例：業務委託、物販、不動産賃貸等）がありその行為自体も継続しているのであればよいのですが、中には実態がなくなっているのに請求書の発行や両法人において損金経理・益金経理の処理が行われている場合があります（例：従業員を全員MS法人から医療法人へ異動させているにもかかわらず、継続して業務委託料の請求と支払いがある。）。
その場合、損金経理をしている医療法人側で「国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し」ているものとして、法人税の重加算税が課税される可能性があります（国税通則法第68条第1項、国税庁「法人税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」第1－1⑵②）。
特に、国税庁「法人税の重加算税の取扱いについて（事務運営指針）」第1－1⑵②には、「隠蔽又は仮装に該当する場合」の例示として「相手方との通謀による虚偽の証ひょう書類の作成」が挙げられていますので注意が必要です。